Zestawy odczynników Agilent SureSelect
Agilent oferuje wysokiej jakości zestawy odczynników do przygotowania bibliotek zależnie od potrzeb danego doświadczenia.
Najnowsza generacja zestawów SureSelect XTHS zawiera dodatkowy molekularny barkod (składający się z 10 nukleotydów), który może pomóc zidentyfikować fałszywie pozytywne warianty (powstałe np. wskutek błędu polimerazy czy sekwencjonowania). Jednocześnie molekularny barkod umożliwia znacznie bardziej czułe wykrycie rzadko występujących wariantów.
Poniższa tabela zawiera podsumowanie głównych cech poszczególnych zestawów:
Nazwa zestawu | |||||
Ilość DNA | 10ng-200ng | 10ng-200ng | 200ng-3ug | 100ng-1ug | 50ng |
Czas pracy | 8 godzin | 8 godzin | 1,5 dnia | 1,5 dnia | 8 godzin |
Fragmentacja DNA | Sonikacja | Sonikacja | Sonikacja | Sonikacja | Trawienie transpozazą |
Czas hybrydyzacji | 90 minut | 90 minut | 16 godzin | 16 godzin | 90 minut |
Unikatowe cechy | Zoptymalizowane do FFPE Molekularne barkody Próbki indeksowane przed hybrydyzacją | Zoptymalizowane do FFPE Molekularne barkody Próbki indeksowane przed hybrydyzacją | Kompatybilne z FFPE | Pulowanie próbek przed hybrydyzacją | Kompatybilne z WGS i ukierunkowanym NGS
|
Kluczowe korzyści | Wysoka czułość: ≤1% VAF | Indeksy dla 192 próbek | Bardzo złożone próbki | Ekonomiczne | Nie wymaga sonikacji |
Każdy zestaw Agilent SureSelect może zostać zautomatyzowany na stacji pipetującej Bravo. Dzięki temu uzyskamy w pełni powtarzalne wyniki w znacznie krótszym czasie.
Agilent oferuje również rozwiązania do kontroli jakości poszczególnych etapów przygotowania bibliotek do NGS. Należą do nich:
- Ocena jakości genomowego DNA po izolacji:
- za pomocą Tapestation,
- za pomocą Real Time PCR – zestaw FFPE QC.
W przypadku próbek FFPE bardzo ważna jest ocena stopnia degradacji DNA. Ma to kluczowe znaczenie dla ilości cykli w PCR oraz dla ilości sekwencjonowania dla danej próbki.
- Ocena DNA: po fragmentacji, przed hybrydyzacją, przed multipleksowaniem
- za pomocą Tapestation,
- za pomocą Bioanalyzer 2100.